В целях реализации важных направлений деятельности ТИНРО, функционируют следующие обособленные структурные подразделения:
Инновационный научно-производственный центр марикультуры на о. Попова;
Станция "Научно-исследовательская рыбоводная в пос.Лучегорск";
Станция "Континентальная научно-исследовательская в пос.Камень-Рыболов";
Наблюдательный пункт в пос.Ольга Континентальной НИС;
Научно-исследовательская станция (НИС) "Де-Ливрона";
Научно-исследовательская станция "Океаническая" в селе Крабозаводское о. Шикотан.